生物信息学笔记

Caizhaohui

基因编辑工具和生物信息学爱好者,喜欢用 Python、R 和 Rust 语言在混乱的生物数据中挖矿,借助 AI 将分析流程固定成可靠的数据分析工具,这是一个人人都是软件开发者的时代。

个人博客与项目作品集 — 记录生物信息学、数据分析与软件开发

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「生信软件」

SeqMux:Rust 编写的快速便携 FASTQ 拆分器

基于样本 barcode 表的单端/双端 FASTQ demultiplexer:双 barcode 双方向匹配、UMI 提取、Hamming 容错、质量与 adapter 修剪、多线程有序输出,零运行时依赖。

「生信软件」

SAMRust:pysam 兼容的 Rust 原生 HTS 处理库

面向 Linux/HPC 的多线程 BAM/CRAM/VCF 处理库:Python 语义不变、热点路径跑在 Rust 上,fetch/count/coverage/depth/pileup 与 pysam 结果对齐、性能对齐 rubam。

「生信软件」

PAMlogo:PAM 文库测序分析一站式流水线

面向 Cas9 等基因编辑系统的 PAM 偏好分析命令行工具:从原始 FASTQ 到 WebLogo 图,质控、拆分、PAM 计数、Top-N 筛选、加权出图一条龙。

「生信软件」

FretHMM:单分子时间序列 HMM 状态分类工具

介绍开源工具 FretHMM:受 HaMMy 启发、用 Python 重写的单分子轨迹 HMM 分类。覆盖 CLI/GUI、Review Grid、 multi-start + BIC、ON/OFF 与 dwell 动力学,以及 v1.5–v1.6 的批次审查与 Windows 并行更新。