SeqMux：Rust 编写的快速便携 FASTQ 拆分器

项目简介

SeqMux 是一个用 Rust 写的 FASTQ demultiplexer（拆分器），主打快、便携、零依赖：不需要 Python、Conda、pigz 或 SLURM，cargo build --release 之后一个静态二进制走天下。

核心特性（v0.1）

• 单端 / 双端 FASTQ（.fastq / .fq / .gz）
• SeqMux 样本表（CSV 带表头：SampleNumber, Barcode1, Barcode2, …）
• 双 barcode 拆分：PE 数据自动尝试 R1/R2 两个方向；SE 数据支持 R1 5′ + 3′ 双端匹配
• 单 barcode 拆分：仅用 Barcode1 在 R1 5′ 端匹配
• UMI 支持：barcode 中的 N 碱基被当作 UMI 提取，写入 read header 的 rbc: 标签
• 容错匹配：Hamming 距离容错，平局（多条码等距）判为 unassigned，避免错分
• 修剪：BWA 风格质量修剪 + 3′ adapter 修剪
• 有序输出：多线程分块流水线，但每个样本的输出保持原始顺序
• 内置 gzip：输出压缩不依赖外部工具
• 汇总 TSV + stderr 报告

快速上手

git clone https://github.com/Caizhaohui/SeqMux.git
cd SeqMux
cargo build --release
# 二进制：target/release/seqmux

双端数据 + 双 barcode（推荐）：

seqmux demux \
  -i mix_R1.fastq.gz \
  -I mix_R2.fastq.gz \
  -b sample_barcodes.csv \
  -o results \
  -t 8

单端数据：

seqmux demux \
  -i reads.fastq.gz \
  -b sample_barcodes.csv \
  -o results \
  -t 8

FASTQ 校验：

seqmux validate -i reads.fastq.gz
seqmux validate -i r1.fastq.gz -I r2.fastq.gz

样本表格式

只支持带表头的 CSV 一种输入（简单、可 diff、可版本管理），最小示例：

SampleNumber,Barcode1,Barcode2
S1,ACGTACGA,TTGCAACC
S2,GGTTACGT,AAGGCCTT

在工具链中的位置

SeqMux 是 PAMlogo PAM 文库分析流水线的拆分引擎，也兼容 Ultraplex 风格的条码文件转换。后续计划纳入 SeqBrio 的命令集。

相关链接

• GitHub：Caizhaohui/SeqMux