PAMlogo：PAM 文库测序分析一站式流水线

这个工具做什么

研究 Cas9 蛋白的 PAM 偏好，需要把 PAM 文库的高通量测序数据从头到尾处理一遍：质控、按 barcode 拆样本、统计每条靶序列下游的 PAM、取高频 PAM、最后画 logo 图。PAMlogo 把这条链路打包成一条命令：

pamlogo run --config my_run.yaml

全流程（v0.3）

原始 FASTQ (R1[/R2])
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   [1] fastp            质控 / 修剪 / QC 报告
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   [2] seqmux           按 barcode 拆分样本
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   [3] find_pam         靶序列下游 N nt PAM 计数（Count 降序 + Rank）
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   [4] Top-N 筛选       默认 top50，可自定义（--top-n / YAML）
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   [5] WebLogo          对 Top-N PAM 按 Count 加权出图

模块亮点

模块	说明
seqmux demux	复用我写的 SeqMux（Rust 实现），无 Python/pigz 运行时依赖；支持 SE/PE、质量与 adapter 修剪
fastp QC	原始 FASTQ 质控，输出 clean 数据与 HTML/JSON 报告
Ultraplex 兼容	旧 BARCODE:sample 条码文件自动转换为 SeqMux CSV，老项目无痛迁移
PAM 计数	等价 find_pam.py：靶序列下游 N 碱基计数，Count 降序 + Rank
Top-N + WebLogo	默认 top50 送入本地 WebLogo 按 Count 加权出图
加权 FASTA	可导出下采样 FASTA，方便上传 WebLogo 官网 Create 页
YAML 流水线	支持全流程 / 跳过 qc·demux / logo-only 三种模式

安装依赖

• Python ≥ 3.9
• fastp（conda install -c bioconda fastp）
• SeqMux（需 Rust 1.74+ 编译）
• 可选：Ghostscript，用于 WebLogo 导出 PDF/PNG

另外还内置了 SLURM 提交模板，HPC 环境可以直接投递。参数默认值与实际做过的 292 PAM 实验对齐，开箱即用。

与其他工具的关系

PAMlogo 是流程整合层——单点工具各司其职（fastp 质控、SeqMux 拆分、WebLogo 画图），PAMlogo 负责把它们串成可复现的一键流水线，并用 YAML 固定参数。

相关链接

• GitHub：Caizhaohui/PAMlogo