基于样本 barcode 表的单端/双端 FASTQ demultiplexer：双 barcode 双方向匹配、UMI 提取、Hamming 容错、质量与 adapter 修剪、多线程有序输出，零运行时依赖。
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共 8 篇
面向 Linux/HPC 的多线程 BAM/CRAM/VCF 处理库：Python 语义不变、热点路径跑在 Rust 上，fetch/count/coverage/depth/pileup 与 pysam 结果对齐、性能对齐 rubam。
「生信软件」
PAMlogo：PAM 文库测序分析一站式流水线
面向 Cas9 等基因编辑系统的 PAM 偏好分析命令行工具：从原始 FASTQ 到 WebLogo 图，质控、拆分、PAM 计数、Top-N 筛选、加权出图一条龙。
Rust 实现的 Windows 桌面 + CLI 双形态序列处理工具包，四大核心命令（stats/cat/revcomp/validate），无需 Python/Perl/Conda/WSL。
「生信软件」
FretHMM：单分子时间序列 HMM 状态分类工具
介绍开源工具 FretHMM：受 HaMMy 启发、用 Python 重写的单分子轨迹 HMM 分类。覆盖 CLI/GUI、Review Grid、 multi-start + BIC、ON/OFF 与 dwell 动力学，以及 v1.5–v1.6 的批次审查与 Windows 并行更新。
介绍开源工具 microbial-colony-counter：基于 OpenCV 的培养皿菌落自动计数，支持桌面 GUI 与 Web。重点记录 v1.1.1 批次标定与 v1.1.2 多参考盘联合学习，以及从默认参数到少样本校准的开发路径。
用 Rust（eframe + egui）打造的 Windows 优先大文件序列浏览器：内存映射打开数百 MB 到数 GB 的 FASTA/FASTQ，虚拟滚动、增量索引、记录级覆盖编辑与安全导出。
给定野生型 DNA 序列，自动生成带重叠区的饱和突变（NNK）寡核苷酸文库——每个位点突变为其余 19 种氨基酸，使用大肠杆菌优化密码子，兼容 Gibson 组装。